Para enriquecer su palmarés nacional, Boca ganó, también al mando de Sergio Hernández, nba tienda el Torneo Top 4 de 2004 al derrotar a Ben Hur. Además, Boca fue campeón en las cinco primeras ediciones de la Copa Argentina, torneo instaurado en 2002 y organizado, al igual que la Liga, por la Asociación de Clubes. Este torneo se juega desde 1946 entre los campeones de las distintas ligas de básquetbol de América del Sur.