A nivel internacional, la mejor participación de Nacional fue en 2003, camiseta lebron james lakers cuando obtuvo el Vicecampeonato en el Torneo Sudamericano de Clubes de Futsal. En el año 2012 por primera vez Peñarol, el clásico rival de Nacional a nivel institucional presentó un equipo de fútbol femenino. Luego de que Nacional se afiliara a la FIFA, en campeonatos organizados por la Comisión Delegada de Futsal de la Asociación Uruguaya de Fútbol, el club obtuvo el título de liga en reiteradas ocasiones.